医药与健康管理系现开设生物制药技术、药物制剂技术、化学制药技术、药物分析技术、药学、药品质量检测技术等六个专业。其中，生物制药技术专业于2011年获得了“中央财政支持高等职业学校提升专业服务产业发展能力”立项;制药技术专业群于2012年获得了江苏省“十二五”高职高专院校重点专业群立项。

　　医药与健康管理系现有教授2名，副教授2名，高级实验师1名,“双师型”教师10名，硕士及以上教师13名，淮安市“533英才工程”拔尖人才培养对象2名。教科研成果突出，在SCI、EI、全国核心期刊共发表学术论文100余篇;主参编教材10余部，其中3部教材为国家“十一五”规划教材;主持省市科研项目10余项;获得国家发明专利6项。现有各类实验室9个，专业技能训练室2个，实训中心3个，校外实训基地21家;拥有国家级职业技能鉴定所，可进行药物制剂工、药物分析工等技能培训与鉴定工作。

　　近年来，毕业生就业率均达98%以上，历届毕业生大多已成为用人单位的技术和管理骨干，为制药工业的快速发展作出了重要贡献。