生物与化学工程学院拥有生物技术及应用、微生物技术及应用、环境监测与治理技术、资源环境与城市管理、应用化工技术、工业分析与检验等6个专业，其中生物技术及应用专业始建于1983年，是生物技术类高职教育最具有特色的专业之一，该专业是国家骨干高职院校重点建设专业、江苏省示范性高职院校重点建设专业、江苏省十二五重点建设专业、江苏省高等学校特色专业，该专业教学团队被遴选为江苏省高等学校优秀教学团队。微生物技术及应用和环境监测与治理技术是江苏省十二五重点建设专业。

　　生物与化学工程学院现有在校生1000余人，专任教师32人，其中博士5名，硕士22名，教授6名，副教授10名，“双师型”教师26名。拥有江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人1名，江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师3人，淮安市“有突出贡献中青年专家”2名，全国轻工工业发酵专业教学指导委员会副主任委员1人、全国轻工食品生物工艺专业教学指导委员会副主任委员1人、中国高等职业技术教育研究会食品生物技术类专业协作委员会副主任委员1人。建有国家级精品课程1门，省级精品课程1门，院级精品课程4门，主参编教材30余部，其中国家“十一五”规划教材4部。拥有中央财政支持建设的国家级“生物技术实训基地”、“食品生物实训基地”，教育部生物技术类师资培训基地，江苏省食品生物技术类专业人才培养模式创新基地。现有各类实验室13个，专业技能训练中心4个，实训中心5个，校外实训基地50余家，建有“江苏省食品微生物工程实验室”、“国家级职业技能鉴定所”和“全国轻工行业特有工种职业技能鉴定站”，与江苏今世缘酒业有限公司合作成立“江苏今世缘酿酒学院”。

　　多年来，学院已为社会培养了12000余名毕业生，诸多毕业生已成为企事业单位管理者或技术骨干，为地方经济做出了应有贡献。