工学院是由我国最早创办的两个农业工程系——原中央大学农业工程系和原金陵大学农业工程系合并、发展而来，是我国农业工程学科的发源地之一。1952年，全国高校院系调整时两校的农业工程系合并成立南京农学院农业机械化系;同年，成立南京农业机械化学校。1958年，农业机械化系与南京农业机械化学校合并成立南京农学院农业机械化分院。1970年，搬迁到镇江，与镇江农业机械学院(现江苏大学)合并。1985年，迁回浦镇原址成立南京农业大学农业工程学院。2000年，更名为南京农业大学工学院。

　　学院位于南京市浦口区，校园面积716亩，南临长江，北依老山风景区，山林遍布，鸟语花香。现有教职工450多人，全日制在读本科生5000多人，博士、硕士研究生近400人，成人教育学生500多人。设有农业机械化系、交通与车辆工程系、机械工程系、电气工程系、管理工程系、基础课部和培训部等教学单位。具有农业机械化及其自动化、交通运输、工业设计、机械设计制造及其自动化、农业电气化与自动化、电子信息科学与技术、自动化、工业工程、工程管理、物流工程、车辆工程、材料成型及控制工程等12个本科专业。具有农业工程一级学科博士学位授权点，农业工程、机械工程、管理科学与工程一级学科硕士学位授权点和检测技术与自动化装置二级学科硕士学位授权点以及工程硕士(农业工程、机械工程和物流工程领域)和农业推广硕士(农业机械化领域)专业学位授予权。60年来，学院培养了包括专家、学者、企业家、党政管理等各类人才3万余人。

　　学院依托农业工程优势学科，在水田土壤流变性能、农业机器人、土壤耕作及旋耕机械、植保机械、农业能源等研究方向取得的研究成果受到国内外瞩目。近五年，承担国家863计划、国家自然科学基金、国家科技支撑等各类项目100多项，获国家、省部级科研成果4项，发表学术论文1000多篇，被 SCI、EI、ISTP收录200多篇，出版著作、教材近百部。

　　按照学校建设世界一流农业大学奋斗目标，学院将秉承学校百年办学传统，践行“诚朴勤仁”校训，继续发扬艰苦奋斗、务实奋进的优良传统，营造团结融洽、和睦和谐的校园文化氛围，努力将学院建设成为以农业工程学科为优势，以工为主、理工结合、农工融合，特色鲜明的工科学院。