南京农业大学理学院成立于1996年，拥有江苏省农药学重点实验室、江苏省实验教学示范中心化学实验教学中心和物理实验教学中心，是南京农业大学基础教学与基础科学研究的重要部门。学院现设有化学系、数学系、物理系，及理化分析中心、农产品安全检测中心、农药创制中心、应用化学研究所及同位素科学研究平台。学院同时拥有生物物理学博士点;化学和数学一级学科硕士点;信息与计算科学、应用化学本科专业。理学院已成为基础教育与专业教育相结合、本科生培养与研究生培养并重、教学与科研协调发展的学院之一。

　　理学院现有教职工76人，其中教授8人(另聘有5名国内外著名大学的学者担任兼职教授)，副教授及高级实验师28人，讲师32人;教师中具有博士学位32人，硕士学位32人。目前在校学生规模540人，其中本科生460人，硕士及博士研究生80人。

　　理学院先后有10人获教育部和农业部优秀教师荣誉称号，1人获农业部突出贡献的中青年专家称号，11人获国家政府特殊津贴。先后正式出版教材和专著近30本，获国家发明奖1项，部、省级学术奖励26项。近五年，主持或参加国家级教学科研项目20多项，承担其他各类科研项目30多项，以第一作者公开发表的核心期刊学术论文300余篇，其中被SCI收录150余篇。先后获得江苏省优秀教学成果一等奖2项，江苏省优秀教学成果二等奖3项、江苏省优秀课程群2项、江苏省精品课程2项。在指导全国大学生数学建模竞赛和江苏省高等数学竞赛中，多次荣获全国一等奖和江苏赛区一等奖。

　　目前，理学院正着力建设一支教学水平高、科研能力强的师资队伍，注重专业和学科内涵建设，促进教学科研工作稳步发展，努力提高人才培养质量，促进学院的可持续健康发展，为早日建设成为研究型学院夯实坚实的基础。