渔业学院是南京农业大学与中国水产科学研究院淡水渔业研究中心在长期联合办学的基础上，经国家教委和农业部批准于1993年成立的高等水产教育单位。渔业学院现有水产养殖学博士及硕士学位授权点各1个，设有鱼类学、水产动物营养与饲料学、鱼类遗传育种学、水产动物疾病防治学、水产环境保护学、水产动物增养殖学、渔业经济和信息等十多个专业教研室。学院还拥有设备先进的计算机实验室、语言教学实验室、电化教学与声像制作室和水产养殖试验场。

　　学院的依托单位淡水渔业研究中心是国内最大的全国性内陆渔业研究机构，拥有国内一流的水产科研设施。近十年来，承担和完成了国家科技攻关等各种水产科研项目200多项，获得各级成果奖励80多项，其中部级以上科技成果奖励20多项，为我国水产的发展做出了重要的贡献，在国内外水产领域享有盛誉。