学院前身是成立于1922年的原东南大学农科(中央大学农学院前身)农艺系的土壤门(专业)，1952年原中央大学农业化学系、金陵大学土壤组和浙江大学农学院农业化学系的一部分合并组建南京农学院土壤农业化学系，1996年更名为资源与环境科学学院，是我国最早具有硕士、博士学位授予权单位之一。学院以悠久的历史、雄厚的师资力量、丰硕的教学科研成果在国内外享有较高的知名度，学科排名处于国际生态环境领域前1%之列。一批国内外著名的学者如中国工程院院士蔡道基和中国科学院院士侯光炯、朱显漠、王德宝、章申等都曾在本院学习或工作过。毕业生中，数十人成为欧美著名高校、研究所中的杰出学者;数十人获得国家千人计划专家、国家自然科学基金委的杰出青年基金获得者、教育部长江学者、全国农业科研杰出人才、百千万人才工程国家级人选等称号。毕业生中也产生了一批省部级、厅局级、校(所)长等优秀领导者。

　　全院现有教职工106人，其中教授36人，副教授39人，博士生导师33人，硕士生导师66人。 拥有“国家千人计划专家”、“国家杰出青年基金获得者”、“国家教学名师”、“全国农业科研杰出人才”、“全国师德标兵”、国务院学位委员会学科(农业资源与环境)评议组召集人等。有入选教育部新世纪优秀人才计划7名、全国优秀博士论文获得者2名、江苏省“333高层次人才工程”学术领军人才和中青年学术带头人5名、江苏省“青蓝工程”人才8名及国际学术期刊编委7名。

　　学院设有农业资源与环境、生态学2个一级学科博士后流动站、拥有农业资源与环境国家一级重点学科(在2012年教育部学位与研究生教育发展中心全国一级学科评估中排名全国第一)、江苏高校优势学科(涵盖土壤学、植物营养学两个国家二级重点学科)和1个教育部“985优势学科创新平台”，2个江苏省重点学科(植物营养学、生态学)、2个校级重点学科(环境科学与工程、海洋生物学);3个博士学科点、2个博士学位授予点、6个硕士学科点、2个专业硕士学位点、3个本科专业，年招收研究生230名(其中博士生50名左右)，本科生160名左右。近年来，有2篇博士论文被评为全国百篇优秀博士论文，另有2篇被评为全国优秀博士论文(提名)。农业资源与环境专业为教育部特色专业;环境工程专业为江苏省品牌专业， 2012年通过了教育部专业认证有效期延长的审核;环境科学专业为校品牌特色专业;学院教学中心被评为“江苏省实验教学省级示范中心”。拥有《植物营养学》和《生态学》2个“国家级优秀教学团队”， “教育部科技创新发展团队”1个、农业部和江苏省“高等学校优秀科技创新团队”各1个、“江苏省高校优秀学科梯队”1个，“国家地方联合工程中心”1个。学院独立设有黄瑞采教授奖学金和多个企业奖助学金，年资助在校生近百万元。

　　在国际交流方面，目前已与美国、英国、德国、加拿大、澳大利亚、日本、香港等国家和地区的数十所著名高校和研究所建立了合作关系。学院科研实力雄厚，拥有5个省部级重点实验室和工程中心，在新型生物有机肥研发、养分资源高效利用的分子遗传基础理论和技术、农业固碳减排与气候变化应对、沿海滩涂等非耕地资源综合利用、污泥生物处理技术等方面引领本领域学科的发展;有机污染的生物学、污水处理工程技术以及绿色食品生产等许多成熟技术在生产实践中发挥了重要作用。近年来作为第一完成单位获国家技术发明二等奖1项，国家教学成果二等奖1项，省部级奖励10多项，承担着一批国家和地方部门的重大科研项目，年到位科研经费5000多万元，年发表SCI论文80多篇(单篇平均影响因子约2.8)。

　　学院建设目标是：以地球科学与生命科学为交叉融合、以农业资源可持续利用和生态环境保护为特色的国际一流的研究型学院及知识创新基地和高层次人才培养基地。