植物保护学院始于金陵大学1916年设立的植病组，是中国近代植物病理学、昆虫学及植物检疫事业的发祥地，也是中国现代植物保护学科的主要起源地。目前拥有一级学科国家重点学科植物保护学，覆盖植物病理学、昆虫学与农药学三个二级学科国家重点学科。学院设有3个系、1个直属教研室、4个研究所、2个部级重点开放实验室、1个博士后流动站和2个部属全国性培训中心。

　　学院师资力量雄厚，现有教授33名，其中博士生导师30名。拥有 “973”项目首席科学家、长江学者、“新世纪百千万人才工程”国家级人选、全国模范教师、教育部青年教师奖获得者各1名，国家杰出青年基金获得者2名，3名教育部跨世纪人才，7人获得教育部新世纪创新人才计划资助。 80%的专业教师有出国留学一年以上的经历，90 %以上的中青年教师具有博士学位。

　　经过几代人的建设，学院形成了治学严谨、理论与实践并重的优良学风，确立了学术水平在全国的优势地位。目前主持包括国家“863”计划、“973”计划、国家杰出青年基金等科研项目200多项，在研总经费2亿元以上。先后获得国家科技进步一等奖一项、二等奖四项。在《Nature》等国际著名学术刊物上发表论文多篇，学术影响名列学校和国内同行前茅。三篇博士论文先后荣获全国百篇优秀博士论文。

　　学院现有植物保护、生态学2个本科专业。植物保护专业为江苏省首批品牌专业，人才培养质量国内领先。“宽基础、高素质植物保护本科人才培养的研究与实践”荣膺植保专业人才培养方面唯一的国家级优秀教学成果一等奖，并拥有3门国家精品课程。毕业生专业基础扎实、知识面宽、素质全面、能力较强，在就业市场上有明显的竞争力，供需比保持在1：3左右，就业率稳定在95%以上。本科毕业生中40%以上攻读研究生或出国留学继续深造，毕业生主要在相关机关、事业单位、外资或国内骨干企业从事管理、技术推广、市场与产品开发等工作。