自动化工程系设有机电一体化技术、电气自动化技术、供用电技术三个专业。其中电气自动化技术专业是学院院级品牌特色专业，通过了教育部中央财政重点扶持项目——“高等职业学校提升专业服务产业发展能力”的验收。机电一体化技术专业是院级重点建设专业。供用电技术专业是学院与中电科(集团)公司联合开展现代学徒制试点的专业，学生入学后即获得学生、员工的双重身份。以上三个专业组成了机电技术专业群，是学院“十二五”重点建设专业群之一。专业群现有专职教师27人，其中高级职称7人，占比 26%，双师素质教师22人，占比81.57%;同时拥有一支由来自企业一线的工程技术人员、能工巧匠所组成的兼职教师队伍。系部践行“工学结合、校企共育”的人才培养模式，推行“双证书”制，即学生毕业时获得毕业证书和职业资格证书。职业资格证书工种包括了电工上岗证、高压电进网作业许可证、维修电工、数控车床等中、高级证书。

　　系部现有电工电子实训室、维修电工实训室、PLC实训室、液压实训室、电机维修与拆装实训室、安全电工实训室、供配电实训室、自动化生产线实训室、综合实训室、工业机器人实训中心等10个校内实训场所,依托核心型、紧密型合作企业，建立校外实训基地26余家。毕业生主要面向制造业产业链各类企业，主要从事工业机器人操作、编程、维护;自动化设备装配、调试、运行维护管理、售后服务等岗位。近年来，系部积极为南京中电熊猫、中电科(集团)公司、南京康尼电子科技有限公司、上海大众、东盟电气集团、南京亿嘉和机器人公司、南京景曜机器人公司、南京王航飞行器有限公司、南京工艺装备制造厂、长安福特马自达汽车有限公司等多家知名企业输送高素质技术技能型人才。