南京中医药大学药学院前身为南京中医学院中药系，始建于1960年，同年开始招收中药学本科生。1986年起设立硕士点，1990年设立博士点，1998年设立博士后流动站。是全国中医院校中最早成立的高等中药学教学单位之一。1960年创办南京中医学院制药厂(1995独立，后改制为江苏南星药业有限责任公司)，1995年更名为南京中医药大学中药学院，随着药学教育事业的发展，药学专业门类逐年增加，2000年更名为南京中医药大学药学院。现任院长是吴启南院长。

　　药学院经过49年的建设，在师资队伍、办学条件、教学及科学研究等各方面取得了较快的发展。学院设有学院办公室、教学科研办公室和学生工作办公室;4个系：中药系、药学系、临床药学系和制药工程系;2个中心：教学实验中心和测试中心。系部下有18个教研室：中药资源学教研室、中药鉴定学教研室、中药炮制学教研室、中药分析教研室、中药药剂学教研室、中药化学教研室、生药学教研室、药剂学教研室、药物分析教研室、药物化学教研室、临床药学教研室、临床药理学教研室(2)、药理学教研室、中药药理学教研室、制药工艺与设备教研室、基础化学教研室、生物制药学教研室、化工工程基础教研室。

　　学院现有本科学生2526名，开设中药学、药学、制药工程、药物制剂、中药资源与开发五个本科专业以及中药药理学、临床药学、生物制药、中药制药、食品与药品监测5个专业方向。

　　全院教职工169人，其中专职教师和科研人员128人。截止到2008年底，我院目前有正高职称24名，占18.75%;副高职称23名，占17.97%;中级职称73名，占57.03%;初级职称8名，占6.25%。博士学位56人，占43.75%;硕士学位59人，占46.09%;学士9人，占7.03%;其他4人，占3.13%。学科有博士生导师17名，硕士生导师38名。教师中享受国家政府津贴专家4人，国家级有突出贡献的中青年专家和全国“百千万人才”工程第一层次1名，江苏省六大人才高峰2名，教育部优秀教师1名，全国师德先进个人1名，江苏省中青年科技领军人才1名，江苏省有突出贡献的中青年专家4名，南京市有突出贡献的中青年专家1名，江苏省青年科技奖2名，江苏省优秀科技工作者4名，江苏省“五一”劳动奖章获得者1名，江苏省、国家新药审评专家14人，国家药典委员会委员2名。中青年科学技术带头人6名，江苏省“青蓝工程”培养对象10名。2002、2005年两次被评为“江苏省优秀学科梯队”。省级优秀创新团队1个，校级优秀创新团队2个，此外，聘请外籍名誉教授2名、国内客座教授8名。

　　到目前为止已培养6600多名高等中药人才。学院自1981年始招收国内外研究生和进修生。现设有中药学博士学位授权点，中药学博士后流动站，中药学、药剂学、生药学、药理学4个硕士学位授权点。至今已有14名博士后出站，授予72名博士学位，342名硕士学位，目前高层次人才培养在数量和质量均有较大的提高，在校博士后13名，博士生43名，硕士生246名。此外，还开办了多期国际中成药班、硕士学位课程进修班及全国中药鉴定、中药炮制、中药分析师资进修班和培训班，执业中药师继续教育培训班、全国中药房主任继续教育学习班，接受了数百名来自国内外的专业进修人员。

　　学科建设成绩喜人，1994年被江苏省政府确立为“江苏省中药学与生药学重点学科”(与中国药科大学生药学科联建)，2000年在江苏省重点学科终期检查中获得优秀(A级)等级。2001年被国家中医药管理局确认为“中药制药学重点学科建设单位”，在中期检查中获优秀。2002年中药学学科被国家教育部确认为国家重点学科，2007年再次被国家教育部认定为中药学一级国家重点学科。2004年经高等学校与科研院所学位与研究生教育评估所评估，我校中药学综合排名位居全国中药学一级学科第三，高校第二，成为国内外具有影响的重点学科。2006年中药学专业被江苏省教育厅授予特色专业，2007年中药学获国家教育部一类特色专业建设点，2008年，中药资源与开发专业被评为省级特色专业建设点。中药鉴定学为江苏省一类优秀课程，中药药剂学、中药化学为江苏省二类优秀课程，中药炮制学为国家精品课程。

　　教学科研条件建设上，形成了5个国家中医药管理局三级科研实验室(中药质量标准、中药制剂、中药炮制、中药化学、中药药理实验室)，3个江苏省重点实验室(方剂基础、中药炮制、中药药效与安全性评价)，5个中央与地方共建实验室(中药制剂与制药工程、中药药理、中药资源与鉴定、中药炮制、中药化学与分析)。建有国家教育部中药炮制工程研究中心、国家科技部规范化中药药理实验室、国家中管局中药炮制与饮片标准重点研究室、江苏省海洋药物研究与新药开发中心、江苏植物药深加工工程研究中心、江苏省中药质量控制工程技术研究中心和1个省级教学示范中心以及76个教学实习基地。

　　此外，学院也十分重视科研实验室建设和基础投入，拥有一批先进的仪器设备，如红外分光光度计、紫外分光光度计、高效液相色谱仪、原子吸收光谱仪、薄层扫描仪、气相色谱仪、气质联用仪、液质联用仪、全自动生化分析仪、多导生理记录仪、心脑血管功能测定仪、荧光显微镜、超临界CO2提取仪等。这些先进仪器为药学院的教学和科研提供了良好的基础条件和先进的研究手段，为把药学院各学科的研究推向国际药学研究的前沿奠定了良好基础。

　　为了使教学、科研能与国际接轨，实现学校创建研究教学型大学的目标，提高人才培养质量。学院还与日本国立(法人)富山大学、熊本大学、大阪大学，英国伦敦大学，加拿大多伦多大学、加拿大圣玛利大学、美国生物代谢实验室、韩国又石大学、香港科技大学、香港浸会大学、澳门大学、澳门科技大学、台湾长庚大学、北京大学、清华大学、浙江大学、南京大学、第二军医大学等国内外大学和科研机构建立了长期稳定的协作关系和教学科研基地。与全国中药制药企业、研究院所、药检所、医院等78家单位建立了稳定的教学实习基地。教学、科研和科技成果转化总体实力位居全国同类院校前列。

　　近年来，学生的科研、实践能力也得到了充分锻炼和提高，在学校举行的“大学生科技创新大赛”中，药学院连续三年夺得校“科创杯”，2005年“中药ST纳米球的研制”作品获全国大学生“挑战杯”比赛二等奖，实现了我校历史上该项目“零”的突破。2006年获第四届江苏省大学生创业计划竞赛中分别获特等奖和二等奖，2007年获全国“挑战杯”科技作品三等奖。连续四年获得江苏省普通高等学校本专科优秀毕业(设计)论文一、二、三等奖10人次。近三年来共发展学生党员168名，应届毕业生考研录取率达到20%以上，就业率99%以上。

　　展望未来，药学院将保持适度招生规模，紧贴行业需求，加强内涵建设，提高管理水平，将学院建设成药学类学科、专业齐全，师资力量雄厚，教学科研成果均居国内同类院系前列的一流研究教学型学院。