生物工程系集我院传统专业之精华，在具有近70年办学历史的农学、植保专业的基础上，经过不断专业改造与建设，于2004年成立。他是一个办学历史悠久、师资办量雄厚、教科研水平高、学生就业率高的一个特色系部，是一个具备央财支持专业、省特色专业、省专业群建设单位的资金雄厚的系部，是一个与南京农业大学、江南大学、扬州大学等本科院校建立有专-本直通车的求学便捷的系部。

　　专业设置 全系设有植物保护、生物技术及应用、水产养殖技术、农产品质量检测、食品加工技术、食品营养与检测、生物制药、生物技术及应用(3+2)等7个专业，现有在校学生800多人。目前，有省重点专业群1个--作物生产与保护，其中植保专业为江苏省级特色专业、省示范性高职院校重点建设专业、中央财政支持的提升专业服务产业能力重点建设专业，生物技术及应用、农产品检测专业为省专业建设专业、院教改试点专业、中央财政支持的国家实训基地依托专业。2009年起，我系与南京农业大学、江南大学、扬州大学合作开设了现代农业管理、生物技术、食品科学与工程“专接本”本科专业，在籍学生120多人。

　　师资力量 全系专任教师36人，双肩挑教师5人，其中教授7人、副教授10人，实验师3人，另有近20多名来自社会相关行业的专家、技术骨干、能工巧匠组成的兼职教师队伍。拥有植物保护、农作物生产技术等2个省级优秀教学团队。江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人2名，省“青蓝工程”学术带头人2名、优秀青年骨干教师3 人，省六大人才培养对象3人，南通市“226高层次人才培养工程”中青年创新创业领军人才3人，学术带头人8人，全国农业职业教育教学名师3人。教师学历层次较高，现有博士3人，硕士学历学位16人。一大批双师型教师既有深厚的学术理论功底，又有丰富的实践经验。

　　教科研水平 学术氛围浓厚，科研力量强。近5年来，承担院外科研项目39项，教研课题12项，拥有农业生物技术、病虫害防治技术等2个南通市重点实验室，荣获南通市科技进步一等奖1项、二等奖3项、3等奖1项等。教学研究成绩突出，荣获各级教学研究成果17项。其中，获江苏省教育厅优秀教学成果一等奖1项，第二届全国农业职业教育教学优秀成果一等奖1项，二等奖2项，三等奖1项。拥有省级精品课程2个(《微生物学》、《植物栽培环境》)，教育部教指委精品课程1个(《园林植物保护》)及一批院级精品课程，省级精品教材1个(《植物保护学》)。近年来，系部通过挂县强农富民工程、科技培训工程、科技成果推广与转化等在服务社会工作中取得了一系列成绩。

　　教学实训条件 全系各专业实验实训条件优良，为学生专业技能培训、教师科研提供了良好的条件。建有植保、农检、生物、食品加工、食品分析等一批实训室20多个，拥有中央财政支持的“农业环境与产品质量安全”实训中心、生物标本馆、组织培养室、食品安全检测中心及省级实训基地种苗实训中心，一批紧密型院外实训基地为全系各专业的实践教学提供了便利的条件。

　　就业工作 随着产业结构的调整，农业产业化经营和农业入世形势的发展，以及人们生活水平的日益提高，社会对植保、生物技术、食品等专业方面的人才需求日益趋旺。我系十分重视学生就业工作，从今年各专业学生就业情况来看，我系毕业生就业形势好，就业质量高，深受用人单位好评。多年来全系各专业总就业率100%、协议就业率100，为学院多次荣获江苏省高校就业先进单位作出了贡献。

　　随着我院示范性院校建设的各项工作的推进，办学水平的不断提升，在全系师生的共同努力下，传统专业深化改革，焕发青春，新兴专业朝气蓬勃，前程似锦。