轮机工程系是江苏海事职业技术学院的主干系，50余年来为中国航海事业输送了大批专业人才。毕业生大部分已成为中外远洋运输、港口、造船等企业及船舶的管理级人才，仅远洋轮机长就达10000余名。轮机工程系设有动力教研一室、动力教研二室、轮机基础教研室、轮机电气及自动化教研室和空调与制冷教研室。轮机工程技术专业被国家教育部列为交通行业80个主干专业之一，是省级特色专业，现有教职工61人，其中副教授16人、讲师26人、轮机长10名、轮机员27名。轮机专业技能实训中心被列为江苏省省级实训基地。

　　轮机工程系面向国际，主动适应航海人才市场对中、高级轮机管理人才的需求,努力优化学生的知识能力素质结构,构建了一个以英语为工作语言、以管、用、养、修为工作能力、以谦逊、勤劳为工作态度的知识能力素质三位一体的课程体系。旨在实行以双语教学和半军事化管理为特色、理论实践相结合为手段、学以致用为导向、多种证书作评估的教学模式，培养“工作态度好、专业技能好、英语交流好”的三好轮机工程技术人员。

　　现代远洋船舶被称为集高技术与高资本于一体的“流动城市”，该“城市”配备了从生活到工作所用的各类机电设备和动力装置。轮机工程系培养的学生就是管理船舶所有机电设备和动力装置的机电全能工程师。