航空工程学院开设有飞机维修、民航商务、航空服务等大类专业以及航空机电设备维修、航空电子设备维修、通用航空器维修、飞机结构维修与内装设计、航空物流、航材贸易与管理、空港服务与管理、空中乘务等专业方向。

　　该院立足南通市航空产业的发展战略，延伸配套服务于江苏省、长三角以及华东地区各大空港建设对航空专业人才的需求。学院建有1万多平方米的航空实训基地，按照民航行业的规范要求以及工学结合、教学做一体的模式实施实训教学。我校航空专业在教学、培训、科研与社会服务方面的硬件和软件实力在省内公办高职院校中均居首位，专业办学优势明显。

　　该院与民航企业合作，成立了“南通航空培训中心”，是苏中苏北地区唯一获得中国民航局CCAR-147民用航空器“维修培训机构合格证”的单位。该合格证包含：“民用航空器维修基础培训和民用航空器基本技能培训”两大类别的培训能力。南通航空培训中心的成立在政策扶持、资质审定、师资培训、设备投入、资金筹措等方面得到了中国民航局、中国民航科学技术研究院、国家空管委办公室空管局、民航华东地区管理局、民航江苏安全监督管理局、江苏省发改委、江苏省教育厅以及南通市委市政府等各级政府及部门的大力支持和帮助。

　　该院与南通华夏航空工程技术有限公司、南通兴东机场有限公司、顺丰速运(集团)有限公司、乔治•海茵茨飞机制造有限公司等民航运输及飞机维修与制造企业签订了战略合作协议，共同开展订单式人才培养，在人才方案的制定、核心课程教学实施、企业顶岗实习等方面进行深入合作。学院与南京航空航天大学、南通大学等高等学府合作，提供自考助学(独立本科段)、专升本等本科学历提升通道。学院与南通国家高新技术产业开发区合作，共同建设“南通市航空工程公共技术服务平台”，紧密围绕航空运输、高端装备制造等战略新兴产业培育和重点产业升级，以科技资源集成开放和共建共享为目标，建设具有基础性、开放性、专业化特点的面向航空产业共性技术的创新服务平台，填补了南通市、江苏省乃至长三角地区航空类公共服务平台的空白。学院还与国内外航空院校加强合作，与澳大利亚堪培门学院、台湾中华科技大学、中国民航大学、南京航空航天大学间互派教师进修学习、交流指导和学术访问。

　　该院拥有一支由航空领域外籍专家领头的业务精、能力强的航空专业师资队伍，其中具有高级职称的教师约占40%，专任教师全部具有硕士以上学位，多人持有中国民航局颁发的民用航空器维修人员执照。学院还聘请了中国民航局、中国民航科学技术研究院、东方航空公司、南方航空公司、中信海洋直升机股份有限公司、中国民航大学、南京航空航天大学等单位航空业内专家30多名任航空专业专家指导委员会特聘教授，指导学院航空专业的建设与发展。

　　该院在重视学生专业知识和职业能力培养的同时，针对航空类专业特点，积极开展一系列丰富多彩的团学活动，如实施一日生活制度、每周一举行升国旗仪式和出操制度、英语听写大会、航空科技文化节(月)、航空知识竞赛、航模、天问讲坛、大学生寒暑假社会挂职锻炼等一系列活动，注重学生日常行为养成教育，注重培养学生的人文素养和综合素质。