1998年6月，在原教育心理教研室和技能教研室的基础上成立基础部，下设教育心理教研室、教育技能教研室、心理咨询中心、教育技能研究所，管理少数民族预科班和中师班。 1999年6月15日 省教委批准开设小学教育专业，2000年2月成立小学教育系，2001年开设学前教育专业和心理健康教育专业。2004年2月，取消原基础部、小教系建制，更名为教育系，2005年12月更名为教育科学系 ，2011年7月更名为教育科学学院。学院原有小学教育专业(文科和理科方向)、学前教育专业、应用心理学专业、五年制专科小学教育专业(文科和理科方向)，2006年开设小学教育本科专业，并开设初等教育(彝汉、苗汉方向)双语教育专科专业。2008年开设学前教育本科专业和特殊教育专科专业。现有小学教育(文科、理科方向)、学前教育、特殊教育三个本科专业和学前教育、特殊教育、心理咨询三个专科专业。有全日制本专科学生近1167人，已毕业本专科学生共1000余人。

　　教科院设有小学教育系(综合教研室)、心理与特殊教育系(心理学教研室)、学前教育系(教育学教研室)，有毕节试验区教育研究所、特殊教育研究所等科研机构和社会服务机构，有心理与教育实验中心(含基础心理实验室、心理测量实验室、沙盘游戏治疗室、音乐放松治疗室、情绪宣泄室、测谎及生物反馈治疗室、儿童认知实验室、手语翻译实验室、感觉统合实验室、听觉言语实验室、蒙氏实验室等)，实验仪器设备值189万元，图书资料5000余册。特殊教育学作为校级重点学科建设，特殊教育专业作为校级特色专业建设。另有学生山泉写作社、秋水文学社、彝学研究社、龙泉书画协会、学生艺术团、心理协会、推普协会等七个学生社团。

　　现有教师58人(含行政部门双肩挑工作人员)，其中教授2人，副教授11人，讲师29人;硕士以上学位34人(含在读)。有地管专家1人，校级学科骨干2人。

　　教科院教师在各级刊物上发表论文100余篇，出版专著1部，主编和参编教材6部，完成课题20余项，有30余项科研成果获地区以上奖励。