南通大学药学院由原南通医学院药理学系和药学系组建而成。药理学系的前身源于1938年国立江苏医学院药理学教研组，1952年开始培养临床医学本科生， 1984年开始培养药理学硕士研究生，2003年开始招收药学专业本科生。近十年来，药学院在药理学龙头优势学科的引领下，借助于飞速发展的苏中经济与高度发达的江苏医药行业，现已建成为国内高素质优秀药学人才的培养基地。

　　学院学科发展强势，建设水平领先。现拥有药学一级学科硕士学位授权点(涵盖药理学、药剂学、微生物与生化药学、药物化学、药物分析、生药学等全部二级学科)，药学学科现为南通大学博士学位授权培育学科和江苏省重点学科培育点，研究生与本科生招生生源丰富，毕业生就业前景光明。

　　学院师资队伍优化，教学水平一流。药学院现具有一支素质优良、作风严谨的学术队伍，汇集药理学、药物化学、药剂学、药物分析学、生药学、中药学、微生物与生化药学等专业科技人才。现有专任教学科研人员36人。专任教师中江苏省特聘教授2人，南通大学特聘教授6人，具有博士学历学位专任教师27人(博士化90%)，具有海外学术背景的专任教师16人(国际化53.33%);专任教师中现有教授7人，副教授16人，讲师7人，学术队伍高级职称达76.66%，现有研究生导师23人，其中博士生导师2人，在读研究生66人。

　　学院科研力量雄厚，创新能力强劲。近五年来先后主持承担国家、省部及市厅各类各级纵向课题36项(其中：国家自然基金23项，省部级基金项目8个)。

　　在国内外核心与权威期刊发表专业学术论文150多篇，其中SCI论文60多篇，获国家授权发明专利12项。

　　学院现有二个系(下设6个教研室)、建有《江苏省炎症与分子药靶重点实验室》、《南通市生物医药研究重点实验室》、《南通大学药物研究所》、《南通大学药学实验中心》等研究基地，实验室环境与设施达到国内领先水平。