土木工程学院土木工程专业由东南大学原土木工程系主任张寿庠教授于1999年创办，随后由河海大学刘瑞教授接任; 2005年秋季开始招收土木工程专业本科生，同时停止招收专科生。截止2011年9月份，我院土木工程专业在校学生526人。

　　工程管理专业由东南大学原经管学院栾学翔教授2000年创办，当时设置物业管理专科，挂靠在工商管理系，2004年4月独立建制，成立工程管理系，开设了建筑工程管理专科专业， 2006年秋季开始招收工程管理专业本科生。截止2011年9月份，我院工程管理专业本科人数325人，专科人数267人。

　　2006年4月，学校为了更好地发展土木工程系和工程管理系，决定两系重组成立土木工程学院，设立了三江学院物业研究中心(所)和土木工程技术研究中心;刘瑞教授为首任院长，现任院长为东南大学原土木工程学院党委书记黄安永教授。

　　土木工程专业下设三个专业方向，即“建筑工程”、 “路桥工程”和“地下工程”方向;工程管理专业包括工程管理专业(本科)和建筑工程管理(专科)专业;工程管理本科专业下设四个模块：“工程项目管理”、“工程造价” “房地产经营与估价”、“物业管理”。

　　土木工程学院现拥有现代化的实验设施：如土木工程实验中心、工程项目管理沙盘模拟实验室、工程造价实验室和工程招投标实验室，以及学校给土木工程学院提供的现代化的机房和相应的专业软件，成立了现代化的模拟实训中心;学院还与外校和有关企事业等11家单位(南通四建、招商局集团、爱涛物业等)共建了教学实践中心。这些单位为我院学生提供了良好的实验、实践场所。

　　土木工程学院的办学理念是：智育为重、德育为先、素质为本。凭借着正确的办学理念、雄厚的师资力量、严谨的治学态度、求实的工作作风，面向市场经济，根据社会需要，培养德、智、体、美全面发展，能在国内外工程建设、物业管理，房地产开发与经营、智能化建筑管理领域从事项目决策和全过程管理的复合型高级人才。