交通运输学院下设运输管理工程系、交通工程系、交通信息管理工程系、城市轨道交通系以及系统工程与控制研究所、系统科学研究所。在提升学术实力，发挥“产学研”合作优势中，学院通过积极努力先后组建了：北京交通大学综合交通研究中心、北京交通大学铁路危险货物运输研究实验室、交通运输国家级教学示范中心、“城市交通复杂系统理论与技术”教育部重点实验室，作为学校重点教学科研试验基地“轨道交通控制与安全”国家级重点实验室的主要团队均为学院的骨干力量;另外学院还设有交通运输智能技术与系统实验室、电子商务实验室等教学科研实践基地。

　　目前学院在聘教职员工为148人，有“国家杰出青年基金获得者” 、“俄罗斯自然科学院外籍院士”1人，“长江学者”特聘教授2人，“长江学者”讲座教授1人，青年“千人计划”1人，海外高层次人才计划专家1人，顾问教授1人;教授41人;博士生导师38人;非博导教授7人;副高职称60人;讲师或中级职称人员57人。全院有博士学位的教师为113人，占专任教师总数的75.8%。

　　在学院领导的支持下，经过全体教师的不懈努力，2011年学院的科研工作取得了新的突破。2011年学院新增科研项目227项，合同经费6083万元，实到经费6066万元。其中“863”项目7项，合同金额810万;国家科技支撑计划1项，合同金额171万;国家自然科学基金项目15项，合同金额592.5万;省部级项目42项，合同金额1354万;横向项目96项，合同金额2611.3万;国际合作5项，合同金额238.6万。2011年学院发表期刊论文179篇，会议论文82篇，出版科技著作16部，发表三大检索论文158篇，其中SCI 28篇，EI 55篇，ISTP 75篇。2011年学院获专利16项，其中技术发明15项，实用新型1项，学院获得软件著作权42项。2011年学院在科技成果方面取得了历史性突破，高自友教授的“基于行为的城市交通流时空分布规律与数值计算”获国家自然科学二等奖。省部级奖励再创佳绩，获北京市科学技术奖2项，其中二等奖1项，三等奖1项，中国铁道学会一等奖1项，中国公路学会科学一等奖1项。