土木工程学院源自同济医工学堂，办学历史可追溯到1915年。同济高工1933年设土木科，1951年迁南京，1980年更名为南京建筑工程学院，先后设建筑工程、勘测工程、经济管理等系，1998年建筑工程系、勘测工程系合并组建土木工程系，2002年原土木工程系更名为土木工程学院。为适应国家大规模建设的需要，2010年8月，原土木工程学院部分学科专业组建成立了交通学院和测绘学院，保留部分和工程管理联合组建了新的土木工程学院。

　　在近百年的办学历程中，学院为社会输送了2万余名毕业生，得到了社会各界的普遍欢迎和高度评价，已建成包括学士、硕士、博士、博士后在内的完整的人才培养体系。

　　学院具有土木工程一级学科博士后流动站，土木工程一级学科博士点，土木材料与工程博士点，土木工程、管理科学与工程一级学科硕士点，建筑与土木工程领域、工程管理、项目管理等专业学位点。具有土木工程、工程管理、建筑节能技术与工程3个本科专业。土木工程、工程管理专业于2001年首次通过了专业评估，2006年顺利通过了第一次专业复评，均为江苏省首批特色专业。土木工程专业是国家特色专业建设点、国家卓越工程师教育培养计划试点专业。结构工程学科为原建设部重点学科。