香港科大颁发的毕业证书在世界众多知名学府之中获得广泛认可。商学院同时更获得欧洲管理教育素质改进系统及美国工商管理学院国际协会承认;工学院的学位资格亦根据《华盛顿协定》，获得美国、英国、加拿大、澳洲、新西兰等国的工程界承认。香港科大1998年开始招收内地本科生，自此以来，不少毕业生于毕业后前往北美著名院校深造，其中包括大学如耶鲁、普林斯顿、加大柏克利分校、宾夕凡尼亚、康奈尔、哥伦比亚、伊利诺依等。香港科大毕业的博士研究生，亦有数十人获得遍及美国、加拿大、英国、澳洲、新加坡等地的重要研究机构与大学聘用。