病原生物学与免疫学系建于2001年10月，由原微生物学和免疫学教研室与寄生虫学教研室合并而成，是东南大学“面向21世纪教育振兴行动计划”建设学科和东南大学医学院重点学科，下有感染与免疫学科实验室和形态与机能教学实验室及东南大学基因工程疫苗研究所。现有免疫学博士学位授予点和病原生物学、免疫学硕士学位授予点。目前有6位博士生导师和8位硕士生导师在本学科博士和硕士点招生及承担研究生的培养任务。已毕业博士、硕士研究生70余名。现有在读博士、硕士研究生30余名。

　　自成立医学院以来，本学科经历了不断创新、不断发展、不断壮大的历程。目前发展所取得的成果，倾注了老一辈教师的大量心血和汗水，在他们的光辉典范影响下，本学科在肿瘤免疫学防治、肿瘤干细胞、肿瘤免疫的遗传调控、感染与免疫、基因工程疫苗、新型免疫制品的研发、基因工程抗体、肠道细菌致病机理等领域的研究中，坚持开拓创新、不断进取、敢为人先、实事求是的科学学风，取得了喜人的成绩。近年来主持和完成国家863基金1项、国家自然基金11项，省重点自然基金2项，省自然基金和省社会发展基金5项、省六大人才高峰基金2项、省333工程基金1项、教育部留学回国人员基金1项、省卫生厅基金3项等各类科研基金，并参加了国家科技部重大科学计划、国家杰出青年基金、国家重点自然基金、国家和省自然基金、美国国立卫生研究院基金、美国CDC科研基金等合作项目研究，年均科研经费在100万元以上。在此科研经费和东南大学985学科建设经费支持下，近年来发表学术论文200多篇，其中SCI论文30多篇，获省部级科技成果奖3项，国家专利1项，科研经费和发表的科研论文均达历史最好水平。

　　目前，病原生物学与免疫学系有教授4名，副教授4名，讲师6名，主管技师2名，技师1名和工人1名。在教师队伍中具有博士学位的10人，在职攻读博士学位的3人，其中有国外留学和进修经历教师占50%以上。近年内,本学科全体师生在学系主任窦骏教授的带领下，秉承东南大学“止于至善”的校训，瞄准建设江苏省免疫学重点学科的奋斗目标，坚持不断创新、努力进取，争取获取更大的成绩。