生物工程 学制四年
培养目标：培养学生德智体美全面发展，具有健全人格；具有正确的世界观、人生观和价值观；具有高素质人才所具备的人文社科基础知识和人文修养；具有生命科学的基本知识，掌握生物技术及其产业化的科学原理,工艺技术过程和工程设计等基础理论、基本技能，能在生物技术与工程领域从事设计、生产、管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才。
开设的主要课程：生物化学及实验、微生物生物学、化工原理及实验、工程制图与计算机辅助设计、生化工程及设备、发酵工程及设备、生物工程下游技术、生物技术大实验等。
(发酵工程) 学制四年
培养目标：本专业培养掌握发酵技术及其产业化的科学原理、工艺技术过程和工程设计等基础理论和基本技能,能在发酵工程领域从事发酵生产技术管理、品质控制、产品开发、科学研究、工程设计等方面工作的生物工程学科（发酵工程方向）的高级工程技术人才。同时也为研究生的培养输送合格人才。
开设的主要课程：生物化学、食品化学、微生物学、食品工程原理、工业发酵分析、发酵工艺学概论、葡萄酒酿造学、发酵机械与设备、啤酒黄酒酿造学、机械制图（含CAD）、机械设计基础、发酵工厂规划与设计、食品标准与法规、食品酶学、食品营养学、现代食品生物技术概论、食品包装学等。