体育教学部承担学校学生的体育教育工作，直属分管院长领导，下设办公室和三个教研室。体育教学部设主任一人、副主任两人、办公室主任、教务秘书各一人，三个教研室各设主任一人。体育教学部设体育教学部党总支。

　　体育教学部共有教职工45人，其中具有高级职称者10人，中级职称者30人，国家级裁判员1人，国家一级裁判员5人。建有体育馆、综合训练馆、乒乓球房、形体房、健身房以及室外健身路径多套、现有篮球场40片、排球场18片、网球场10片、标准田径场3片(塑胶田径场)，标准足球场3片(人工草坪足球场)。

　　体育教学部积极贯彻落实教育部颁发的《学校体育工作条例》、《全国普通高等学校体育课程教学指导纲要》等文件精神，树立“健康第一”的教育思想，积极开展“阳光体育活动”，在教学内容、教学方法和考核等方面进行一系列教学改革，已初步形成具有淮阴工学院特色的公共课体育体系。2010年获“江苏省体育工作先进学校”、2011年在江苏省普通高校体育课程评估中获优秀等级。

　　开设的体育项目有：篮球、排球、足球、乒乓球、羽毛球、网球、武术、太极拳、空手道、舞龙、健美操、瑜伽、拉丁舞、交谊舞、街舞、定向运动、轮滑、健身与塑形、散打、保健等。