医学部有第一临床医学院、第二临床医学院、第三临床医学院、儿科临床医学院等4个临床医学院。现有博士后流动站1个(临床医学)，一级学科博士点1个(临床医学)，一级学科专业学位博士点1个(临床医学)，一级学科硕士点1个(临床医学)，专业学位硕士点1个(临床医学)。有国家级重点学科2个(内科学(血液病)、外科学(骨外科))，省级重点学科2个，省级研究所2个。有临床医学、医学影像学、口腔医学、医学检验等4个本科专业，以及1个七年制临床医学专业，其中，临床医学专业为“江苏省品牌专业”，临床医学类(含临床医学、医学影像学、放射医学)列为“江苏省重点专业建设项目”。目前，在校研究生1662人，在校本科生2501人，外国留学生301人。

　　第一临床医学院设在苏州大学附属第一医院，医院前身是创建于1883年的苏州博习医院，是一所集医疗、教学、科研、预防和保健于一体的大型综合性教学医院，1994年通过江苏省首批卫生部三级甲等医院评审。现有江苏省“科教兴卫工程”重点学科2个(神经外科学、心血管病学);国家临床重点专科6个(骨科、血液内科、心脏大血管外科、呼吸内科、临床护理和血液重点实验室)，江苏省临床重点专科22个;卫生部重点实验室1个(血栓与止血实验室)，中国造血干细胞捐献者资料库江苏省分库HLA配型实验室1个(全国仅2家)，江苏省“科教兴卫工程”重点实验室1个(临床免疫高技术平台培育点);省级研究所2个(江苏省血液研究所、江苏省临床免疫研究所);江苏省“科教兴卫工程”临床医学中心2个(血液科、骨外科)，国家药物临床试验资格专业17个。该院师资力量雄厚，拥有中国工程院院士1人，博士生导师69人，硕士生导师163人。

　　第二临床医学院设在苏州大学附属第二医院，医院创建于1988年，又名核工业总医院、中法友好医院，为国家级核事故应急后援组织，是一所担负着为核电事业提供后方辐射损伤保障、医疗服务、科研和临床医学教育任务的大型综合性教学医院，设有国家核医学应急救援技术支持中心、中国核工业辐射操作医学应急中心等。现有省部级重点专科8个。该院脑胶质瘤导向诊断和治疗、“锁孔”显微神经外科手术、泌尿外科显微微创手术、先天性脊柱侧弯矫形术、对肿瘤诱导化疗和同期化疗的研究、帕金森病的基础和临床研究等已处于国际、国内领先水平。在国家教育部组织的教学基地评审中，医院成绩名列苏南片附属医院总分第一，近年来为本科教学相继开展的见习改革、CBL、PBL教学均取得良好的效果，受到学生欢迎。现有博士生导师16人，硕士生导师90人。

　　第三临床医学院设在苏州大学附属第三医院(常州市第一人民医院)，医院前身是创立于1918年的武进医院，目前是常州地区规模最大的一所科室设置齐全、技术力量雄厚、医疗设备先进、学术水平较高、集医、教、研为一体的三级甲等综合性医院，也是江苏省首批基本现代化医院。该院设有临床和医技科室50个，具有省级医学重点学科1个(肿瘤治疗学)，省级临床重点专科11个(泌尿外科、心胸外科、神经外科、骨科、普通外科、肿瘤科、消化内科、血液科、呼吸内科、医学影像科、医学检验科)，许多新技术、新疗法和科研成果在省内、国内具有一定的影响，某些项目已达到国内先进水平。该院积极开展国际交流活动，先后与美国、瑞典、日本、法国、德国、英国等国家和地区建立科研协作和学术交流关系，共建立了21个医疗合作中心。

　　儿科临床医学院设在苏州大学附属儿童医院，医院迄今已有50多年历史，是一所集医疗、教学、科研为一体的三级甲等儿童医院。现有省“十二五”重点学科1个(儿科学)，省“135工程”重点学科1个(小儿普外科)，省临床重点专科6个(新生儿科、骨科、普外科、血液科、神经科、肾脏科)。医院技术先进，专科特色明显，新生儿缺血缺氧性脑病、早产儿抢救、Ilizarov支架系统治疗肢体延长和复杂肢体畸形矫治在省内领先。此外，医院在骨髓和干细胞移植、哮喘防治、微创手术、复杂先天性心脏病手术和介入治疗等方面形成了自身特色，具有一定的优势。近年来，学院积极开展教学改革，是学校最早开展双语教学的学院之一，CBL教学、本科生导师制等教学改革活动取得了良好的教学效果。