上海交通大学医学院耳鼻咽喉科学系成立于2008年12月，由新华临床医学院耳鼻咽喉科学教研室、上海六院临床医学院耳鼻咽喉科学教研室、仁济临床医学院耳鼻咽喉科学教研室、瑞金临床医学院耳鼻咽喉科学教研、上海市一临床医学院耳鼻咽喉科学教研室、上海市九院临床医学院耳鼻咽喉科学教研室共同组成。自原上海第二医学院创办之日起，耳鼻咽喉科学即为医疗专业学生的必修临床科目，迄今不仅为五年制医学专业的常设课程，更为七年制、八年制医学专业的重要临床教学科目，此外还为五年制营养学专业、以及夜大学生的重要临床教学内容之一。

　　耳鼻咽喉科学系临床教学资源丰富，目前拥有中华医学会耳鼻咽喉-头颈外科分会常委1人、委员2人、中青委1人，上海市耳鼻咽喉-头颈外科学会副主委2人、委员4人，博士生导师7人，硕士生导师14人，正高职称16人，副高职称32人，拥有博士学位者17人，硕士学位者40余人。教师中绝大部分为中青年教师，年龄小于45岁，具有深厚的专业及相关专业知识，热爱本学科专业。耳鼻咽喉科学系是上海市交大医学院重点学科，承担上海市教委重点课程建设项目1项，目前正努力申请上海市精品课程建设和上海市重点学科建设。

　　耳鼻咽喉科学系常设机构目前驻扎在上海交大医学院附属新华医院，开展相关日常教学、行政工作。