上海第二医学院儿科系建立于1955年,1958年迁至新华医院，1994年改为上海第二医科大学儿科医学院。1998年教育部在对《普通高等学校本科专业目录》的调整中，将儿科专业作为调整专业于1999年起停止招生。2007年11月份又正式成立以儿科学教学为中心工作的上海交通大学医学院儿科学系。再建的儿科学系由上海交通大学医学院所附属的新华医院为主体、另有上海儿童医学中心、上海市儿童医院等附属医院的儿科教研室重新组建而成，系部设在新华医院。重建后的系部采用“重组优势力量，充分运用资源”的原则，充分挖掘医学院内儿科教学资源，并与以儿科专科医师毕业后培训为目标的上海交通大学儿科继续教育学院有机融合，使儿科医师毕业前/毕业后教育形成系列，达到各医院共享、共用、互利共赢、共同发展，打响交大医学院儿科品牌。目前主要工作主要从教学督导、教师遴选、八年一贯制临床医学专业?儿科学?教学等方面展开。

　　在50多年的儿科医学教学过程中，儿科系培养一大批资深的教师、儿科专业人才，在全国各地的岗位上为儿科医学事业的发展贡献力量，积累了丰富的教学经验。通过211学科建设，本学科已拥有了一支年龄和知识结构合理的师资队伍具高级专业技术职称的人员80名、中级专业技术职称人员120名。学科梯队中具有研究生学位的人数已占60%，已成为了学术技术骨干，学科内已拥有博士生导师23名，硕士生导师31名。

　　儿科学是交大医学院“本科教学高地建设项目”组成部分，在提高教学质量、课程建设、教材建设和教学方法改革探索研究中作了大量工作，《PBL教学法在儿科学教学中实践》获得2005年度上海市教委教学成果三等奖，并开展《模拟情景教学法》的实践，建立以学生为主体的教学模式，取得较好的教学效果。2003年《儿科学》被评为是校级精品课程，2008年《儿科学》被评为上海交通大学医学院优秀教学团队，2009年《儿科学》又被评为国家级精品课程。