生物医学工程是工程技术和生命医学紧密结合，以解决实际医学问题为目标的多学科交叉的学科体系。隶属于交通大学基础医学院的生物医学工程系成立于1985年，分别于1982年和1985年开始招收硕士和博士研究生，是全国最早的硕士和博士授予点之一，也是目前全国16个生物医学工程专业一级学科博士点之一。主要专业方向涉及生物医学信号与图像处理、生物医学数据挖掘、医学信息与管理等领域。

　　生物医学工程系除招收博士、硕士研究生外，也招收四年制生物医学工程专业本科生。开设的专业课程有：放射诊断学、放射治疗计划学、医学仪器原理、医疗仪器管理工程、医院信息系统开发、医学成像与图像处理、生物系统建模与仿真等。除此之外，生物医学工程系各教研室承担了医学院所有医学相关专业本科生及研究生的数学、物理、计算机等基础必修课程、“生物医学新方法新技术”类及“信息技术医学应用”类选修课程的教学工作。

　　医学院生物医学工程系目前由生物医学工程教研室和计算机教研室组成，系主任章鲁，副主任王成。