上海交通大学基础医学院(原上海第二医科大学基础医学院)成立于1989年5月，前身为创建于1955年8月26日的基础医学部。经过多年的建设，学院已成为全校基础医学的教学、科研、师资培养以及社会服务的基地。

　　学院现有21个教研室/研究所/中心，同时设有生物医学工程系、药学系，联合国世界卫生组织免疫遗传学和免疫病理学合作中心、上海市免疫学研究所、上海干细胞研究所、上海生物医学工程研究所、上海市生殖医学研究与培训中心、上海第二医科大学基因治疗中心、上海交通大学医学院药物研究所和上海交通大学基础医学研究中心。

　　学院承担了培养各种学制(四、五、七、八年制)，各种专业(临床医学、口腔医学、护理、检验、生物医工、公共卫生事业管理、药学、营养、预防、营销等)，各种层次(本科、硕士、博士)和各种形式(全日制、夜大学)的基础医学教学工作。

　　学院现有国家重点学科1个、“211”重点建设学科4个、市级重点学科1个。自1984年以来，经国务院学位委员会批准先后建立了“生物医学工程学”、“基础医学”和“生物学”3个一级学科博士学位授权点，基础医学、生物学2个博士后流动站，10个二级学科博士学位授权点，13个二级学科硕士学位授权点。博士生导师28名，硕士生导师27名。

　　细胞分化与凋亡实验室为教育部重点实验室，生殖医学实验室为上海市科委重点实验室。

　　学院现有教职员工372名，其中正、副教授112名。具有研究生学历的教师占教师总数的88.18%。教师中973首席科学家1人，国家教育部“长江特聘教授”1人，“长江讲座教授”1人，国家有突出贡献中青年专家2人，获国务院特殊津贴专家6人。