物流管理系拥有企业管理（物流管理方向）硕士学位点和物流管理本科专业。本系启动建设的物流实验室已建设成为江苏省现代物流重点实验室。现有在校本科生320余人，硕士研究生20人。物流管理专业主要培养适应经济全球化和信息化发展需要，熟悉运输、仓储、加工、配送、信息服务等业务运作过程，具有管理学、经济学和信息技术基础知识，具备物流管理理论与方法，能熟悉运用现代物流信息技术手段进行物流业务管理、规划的高级专门人才。

物流管理系现有教授2人、副教授6人、讲师1人，具有博士学位教师比例100%，其中取得海外知名大学博士学位教师2人，海外进修1年以上教师2人，已形成一支结构合理、团结进取、富有创新精神的高水平教学和科研队伍。近年来，全系已承担国家社科基金项目1项，省部级课题6项，江苏省教育厅课题4项及横向课题20余项，已发表SCI收录论文10余篇，ISTP/EI收录论文8篇，核心期刊论文10余篇，出版专著8部。全系获得省部级奖项10余次，其中“南京物流指数研究”获得南京市第十次哲学社会科学优秀成果一等奖，“南京港口与水运行业战略发展研究”获江苏省社科联2010-2011年度“社科应用研究精品课程”优秀成果一等奖，“南京市商贸领域共同配送模式研究”获南京第十次哲学社会科学优秀成果优秀奖，“现代粮食流通中的应急物流优化调度研究”获中国物流与采购联合会“宝供物流奖”三等奖。