生态环境系是学院沿袭“农”字特色并拓展环境方向办学的二级院系，现设有9个专业或专业方向：环境监测与治理技术、环境工程技术、水环境监测与分析、农业环境保护技术、现代农业、生态农业技术、水产养殖技术、作物生产技术、种子生产与经营等。其中作物生产技术专业是江苏省高校品牌专业建设点；生态农业技术专业是教育部重点建设专业；农业环境保护技术专业是省级和国家级实训基地建设专业、校重点建设专业。

　　现有专兼职专业教师28人。其中正高3人，包括教授2人，研究员1人，客座教授6人，副教授和高级农艺（工程）师7人，讲师和工程师10人；硕士、博士10人，研究生在读6人，其中博士4人（海归博士2人）；江苏省政府“333工程人才培养对象”1人，省“青蓝工程优秀青年骨干教师”1人，校级名教师4人，学院“教坛新秀”5人；先后有10多位教师曾被派往美国、法国、日本、韩国、德国等国家留学、研修、讲学和访问交流。已经建成国家精品课程1门，江苏省一类精品课程2门，学院精品课程4门，主持或主要参加国家、省市和院级科研课题20余项，拥有国家发明专利2项，主编参编教材10余本，在国家核心期刊上发表论文60余篇。承担环境保护及农业类社会服务项目100余项。

　　生态环境系拥有较为先进和完善的校内外实验实训基地，其中校内实训基地包括植物生长发育实验室、生物工程实验室、组织培养实训室、显微技术实训室、作物生产技术实训室、植物保护实训室、微生物分析实训室、土壤肥料实训室、环境监测实训室、水污染控制实训室、环境微生物实训室等17个实验实训室，以及配备有高效液相色谱仪、气相色谱仪、原子吸收分析仪、电化学分析系统等大型仪器设备的现代分析技术中心等，能满足学生进行专业课程的实验实训操作、单项技能训练、综合技能训练需要；在江苏省优联检测技术服务公司、苏州国家环保高新技术产业园、苏州市环境监测中心站、苏州市环境科学研究所、苏州国环环境检测有限公司、苏州绿环生物科技有限公司、太仓国家现代农业示范园、无锡现代农业博览园、苏州玉屏山农业生态园、吴江农业生态园、江苏省太湖地区农科所、常熟海明蔬菜园艺场等企事业单位建立了校外实训基地。

　　生态环境系始终坚持以服务为宗旨，就业为导向，以能力为本位和产学研结合的办学之路，着力提高学生的职业素质、职业技能、就业与创业能力，毕业生“双证”（毕业证、职业技能证）持有率达100%，毕业生就业率一直保持98%以上，有多名学生在全国和省级职业技能竞赛、优秀毕业论文评选中获奖。

　　生态环境系将继续发扬百年苏农“励志耕耘、树木树人”的光荣传统，按照“做大环境工程类专业，做强生态农业类专业，做特生态环保类专业”的发展思路，坚持以苏州和长三角社会经济发展及劳动力市场对人才需求为依据，以专业建设为龙头，以教学内容与课程体系改革为重点，以创新“二结合二融合”（产教结合、工学结合，专业教育与职业资格证书融合、职业教育与创业教育融合）人才培养模式为切入点，以提高教育教学质量为核心，不断增强办学实力，不断彰显办学特色，为我国生态环境保护、生态农业发展和新农村建设培养更多的高端技能型人才。