园艺学院是由原南京农业专科学校（1958年创办，1984年复校）的园艺系和由原金陵职业大学（1980年创办）的风景园林教研室组建而成（2003年7月）。

园艺学院是我校最早建立的院部之一，现有教职工47人，专任教师44人，其中教授7人，副教授20人，其它系列高级职称2人，高级职称29人，占62%，中级18人，中级职称占38%；具硕士学位以上教师40人，占85%，其中具有博士学位教师17人，占36%；在校生1103人；招生专业有园艺专业、园林专业、设施农业科学与工程专业、中美合作---园艺（农业生物技术，2010年招生），园艺专业、园林专业均为学校特色专业。

园艺学院内设园艺系、园林系、设施农业科学与工程专业系、专业基础课部和园艺学院实验教学中心等5个教学单位，园艺学院实验教学中心建有土壤肥料学、微生物学、植物学、植物组织培养学、蔬菜学、观赏园艺学、植物保护学、计算机辅助园林设计室、园林制图室、园林工程室等27个实验室，校内实验实训基地1个，教学仪器设备总值达800万元，万元以上设备达120台（套），设有金陵科技学院国家职业技能鉴定所---园艺学院职业技能鉴定站，能够承担种植专业初、中、高三个等级的职业技能鉴定，设有金陵科技学院傅家边绿丰茶叶研究所和南京金陵科技园林规划设计(院)有限公司两个产学研合作机构。

历年来，园艺学院教师积极开展教研、科研活动，多项科研成果通过农业部及省、市的鉴定并受嘉奖，为社会培养园艺园林等专业人才6000余人。