自动化系下设电气工程及其自动化、测控技术与仪器、自动化三个本科专业，培养在自动化工程领域内从事设计制造、技术开发的高级应用型人才。

　　自动化技术是一个在国民经济发展中极为活跃、影响巨大、应用广泛、成果丰富的专业领域，它涉及到数学、力学、计算机科学、自动控制、电子和微电子应用、测试仪器和电气工程等多个学科，内涵丰富又极具时代发展特征。从普通家居到人类对太空的探索无不紧密联系于自动化技术的应用。自动化技术的发展深刻地改变了我们生活与经济发展的模式与进程。利用南京航空航天大学在自动控制专业上的优质资源，结合我院的培养目标，贯彻素质教育和创新教育的理念，以市场和社会需要为专业发展方向，准确定位，开拓高级应用型人才的培养模式，在课程设置和培养计划上精心设计，做到理论与实践并重，突出应用，教学内容新颖，具有特色，同时建设了相应的高水平专业实验室和创新实践基地，为学生实践和创新活动提供了良好环境。学生通过四年的学习，既具有在本专业领域上的一技之长，能解决工程实践问题，满足社会当前对人才需求，又有继续培养和发展的潜力，成为适应性强、综合素质良好的工程技术人员。

　　近年来，自动化系毕业生就业形势良好。2014届毕业生年终就业率达到97.23%，在全省同类院校中处于领先地位。其中毕业生考研率高达13.39%，占全院考研人数的35.58%，考入211或985院校人数占全院考入同类院校人数的37.5%，在全省同类院校中也处于前列;2015届普本毕业生考研初试达线率达到21.86%，再创新高，超过了众多本一本二院校学生考研初试达线水平。