2007年1月，学校新组建第四临床医学院。现其构成为“七院一所”：附属脑科医院、附属南京儿童医院、附属南京妇幼保健院、附属眼科医院、附属友谊整形外科医院、附属明基医院、附属江苏省肿瘤医院及儿科医学研究所。其中有三所三级甲等医院，儿科医学研究所下设儿童保健、小儿肾脏病两个研究中心，儿童营养、小儿肾脏病的相关研究处于国内一流水平，为保持专业特色打下了良好基础。学院目前设置七年制儿科学、四年制眼视光学专业。

　　学院现有教研室32个，校级重点实验室2个,导师145名，其中博士生导师9名，科研型硕导49名，临床型硕导87名，教师389名，教授25名，副教授86名，讲师278名，在读全日制研究生164名，七年制116名，本科生174名。整体就业率98.8%。