南京医科大学基础医学院下设14个系、2个教研室、1个国家级实验教学示范中心(基础医学)。现有1个博士后流动站、1个一级学科博士点、10个二级学科博士点, 3个一级学科硕士点、16个二级学科硕士点;1个国家重点学科、1个国家重点(培育)学科、1个省一级学科国家重点学科培育建设点(基础医学)、1个省一级学科重点学科(基础医学);1个国家重点实验室、1个部重点实验室、1个省部共建重点实验室、7个省重点实验室和工程研究中心，拥有一批国内先进水平的科研基地和实验技术平台。2011年，基础医学被遴选为江苏高校优势学科建设工程一期项目立项学科(A类)，进一步推动了学院跨越式发展。

　　学院现有教职工319人，其中教师207人，技术人员83人。在207名教师中，有教授54人(包括海外特聘教授8人)、副教授33人，博士生导师40人、硕士生导师31人，165人具有博士学位(79.7%)、187人具有研究生学历(90.3%);获得国家杰出青年科学基金3人、国家海外高层次人才引进计划(千人计划)2人、全国优秀教师2人、全国优秀教育工作者1人、“新世纪百千万人才工程”国家级人选1人等荣誉称号。

　　学院承担全校各学制、各专业、各层次的基础课、专业基础课和专业课教学工作，开设了100多门课程，每年承担近5万学时的教学任务。围绕创建21世纪基础医学课程教学模式，培养高素质医学人才的教学目标，近两年获高校大学生创新训练计划立项项目28项，近5年主持各级教学改革课题26项;发表教学论文80余篇;主参编国家规划教材10多部、主参编各类教材或多媒体教学课件近100部;多次获校省级以上教学成果和多媒体教学课件竞赛奖，拥有国家级精品课程3门，省级精品课程、优秀课程6门，省级精品教材4部，国家级双语教学示范课程建设项目1项。基础医学实验中心被遴选为国家级实验教学示范中心，2012年顺利通过验收。“生物医学工程实验教学中心”和“现代生物技术与医药综合训练中心”入选江苏省“学科综合训练中心”建设点。近5年获省部共建实验室建设经费和其他建设经费900多万。 “基础医学实验课程群”和“人体解剖学与组织胚胎学”教学团队分别获得国家级教学团队称号。学院设立法医学、生物技术和生物医学工程3个专业并进行招生，学生就业率达95以上。学院还承担接受国内外访问学者和培训进修学员的任务。

　　近5年来，学院承担国家 “973”、“863”、国家自然科学基金重点项目等国家及省、部级研究课题238项，获经费17776多万元;在国内外期刊上发表论文1150多篇，其中SCI收录406篇;获省部级以上科技进步奖15项;国家发明专利授权25项。

　　学院先后和美国、英国、德国、法国、奥地利、加拿大、日本、新加坡、香港等国家和地区高等院校、科研院所建立了长期合作关系，为学院的长期发展创造了良好的外部环境。

　　在2012年全国学位与研究生教育基础医学一级学科博士点评估中，学院综合实力排名全国第七。