理学院始建于1980年11月，经国家医药管理总局批复同意，基础部正式成立。并将无机教研室及英语教研室归基础部管理。

　　1984年4月，学校根据教学工作发展的需要，在基础部增设了电子计算机应用教研室，又称微电脑教研室，并将数理教研室分设为数学教研室和物理教研室，隶属基础部。1987年微电脑教研室更名为计算机中心，1988年3月数学教研室又分设为应用数学教研室和高等数学教研室。

　　1990年基础部作为学校第一个院部搬迁至中国药科大学燕子矶校区。

　　1992年2月28日有机教研室隶属于基础部管理。

　　1993年学校重新对教研室做了全面的调整，基础部根据需要分别成立了无机、外语、体育、数学、分析、物理、物化、有机8个教研室以承担相应的教学及科研任务。

　　1993年11月24日，成立计算机教研室隶属于基础部。

　　1994年5月16日，为加强我校的外语教学和培训工作，面向社会，为经济建设培训人才和提高广大教职工、科研人员的外语水平，经研究决定成立中国药科大学外语培训中心，和外语教研室为一套班子，两块牌子，并隶属于基础部。

　　1995年12月，学校以分析化学教研室为基础成立了“新药质量标准研究中心”，隶属于基础部。该中心建立了一套符合GLP标准的质量标准实验室，为我国的新药研究提供整套基础性和应用性的研究资料和方案。1996年9月19日，学校为充分发挥基础部有关学科的优势，集中力量开展科研工作，成立了“中国药科大学应用化学研究所”。

　　1997年基础化学实验室成立，并于1998年9月通过江苏省教委合格评估，1999年底被评选为江苏省高等学校教学实验中心，为全省高校中仅有的6个化学教学实验中心之一。

　　2000年4月7日，学校正式成立外语系，并归属于基础部管理，正式面向全国招生。

　　2003年信息管理与信息系统专业隶属基础部。同年9月，基础部建立了信息管理与信息系统教研室，调整教学计划，明确培养目标与要求，建立了合理的师资队伍。

　　2009年，外语系独立建制。2011年，成立环境科学教研室，逐渐夯实专业基础，保证新专业人才培养质量。

　　2012年5月基础部更名为理学院。

　　理学院现有教职工193人，其中教授10人，副教授51人;涵盖2个本科专业：环境科学与信息管理与信息系统专业;8个教研室：数学、物理、分析化学、无机化学、有机化学、物理化学、环境科学、信息管理科学等教研室;1个基础化学实验中心。其中，分析化学专业拥有硕士学位授予点;药物化学、药物分析学、信息管理与信息系统专业拥有硕士、博士学位授予点。

　　理学院以培养高素质创新型药学人才为目标，着力推进大学生素质教育，组织开展一系列高层次、高品位的校园科技文化活动，努力创造更好的育人环境，构建和谐校园文化。师生嘉年华、肆彩时代、寝室文化节、三人创意演讲等活动充分展示了当代学子风采;多个校外爱国主义教育实践基地的主题活动立意深刻、形式新颖;暑期社会实践活动多次获得省级荣誉;全国大学生数学建模比赛和“挑战杯”等赛事成绩喜人。同时，我院承担国家和企业的科研项目近百项，国家、省部、校级教改课题数十项;主编“十五”、“十一五”国家规划教材十余部;获省级精品课程3门，国家级教学成果一等奖1项、二等奖1项，省级特等奖1项、二等奖2项，省级精品教材奖2项。

　　面对新的机遇与挑战，我院将竭诚与社会各界携手，聚精会神搞建设，改革创新谋发展;以学科建设为主线，坚持育人为本，“产、学、研”相结合的办学思路，继承发扬“精业济群”的优良校风，共创理学院美好未来!