中药学院前身为南京药学院生药系，80年代初改名为中药系，1985年经国家教委批准，独立筹建南京中药学院，1986年根据国家教委决定，与南京药学院合并，成立中国药科大学，改称中国药科大学中药学院。1998年12月，中药研究所并入中药学院。

　　中药学院现设有7个教研室、2个研究室和3个本科教学实验中心，并附设药学博物馆与药用植物园。现有学生2300余名，其中本科生1700名，硕士生、博士生600余名。本科生的培养设中药学专业、中药资源与开发专业、中药制药专业，其中中药学专业为国家特色专业建设点、江苏省品牌专业;中药资源与开发专业为江苏省品牌专业建设点。在中药学专业内分设中药分析、中药生物技术两个专业方向。中药学院设有国务院学位委员会批准的中药学一级学科博士点，生药学二级学科博士点，中西医结合基础(药学)二级学科博士点，学校自主设立的天然药物化学二级学科博士点。其中，中药学学科为国家一级重点学科培育建设点，生药学学科是国家级重点学科，天然药物化学学科是药物化学国家级重点学科的重要组成部分。我院设有中药学博士后流动站，并是我校药学博士后流动站的重要组成部分，各学科方向均可招收博士后研究人员。

　　学院现有教职工110余名，包括教授21名，副教授32名，讲师21名，其中长江学者特聘教授2名，博士生导师13名。已故的著名中医药学家、中国科学院学部委员叶桔泉教授在学院执教终身;已故的徐国钧院士是我国生药学学科的开拓者之一，他创立的中药粉末鉴定学具有国际先进水平。

　　学院承担了多项国家重点科技攻关项目、国家“863”重大专项和国家自然科学基金重点项目、“重大新药创制”国家重大科技专项及省部级重点科研项目，获得了包括国家科技进步一等奖在内的多项国家和省部级奖励，研究开发出以关附甲素一类新药为代表的一批创新药物。