药学院是中国药科大学中组建历史最长的院系之一，主要从事与化学药物研究、开发和应用有关的专业教学和科学研究。

　　药学院在发展的过程中经历了由专业、系到院的发展过程。在学校成立初期的国立药学专科学校期间，由于招生人数较少，学校未设置院、系、部的一级组织，主要由学校直接领导学科或教学小组。当时招生的“药学”和“化学制药专业”与药学院有关。1950年2月至1951年1月期间，学校决定成立专业学组，其中与药学院有关的专业学组有“化学制药组”、“药剂学组”和“药物分析学组”。1951年9月中央教育部发布《高等学校暂行规定》，该三个专业学组相当于三个系。1952年全国高等学校院系调整，学校更名为华东药学院，同年11月经华东卫生部批准成立系一级的建制，其中与药学院有关的系有“药物化学系”、“药剂系”和“分析鉴定系”。1954年根据国家有关规定，全国药学类专业只设立一个“药学”专业，学校于1955年撤销系一级组织，不设专业办公机构，一切工作由学校统一领导。

　　1972年学校招收工农兵学员入学后，因教学等管理工作需要，学校成立“药学专业”和“化学制药专业”二个办公室。在全国恢复高考制度以后，1979年经国家卫生部批准撤销原二个专业办公室，成立“药学系”和“药物化学系”。1986年组建中国药科大学后，经学校研究决定将“药学系”和“药物化学系”所属的教研室(研究室)合并成立“药学院”。