中山大学药学院是原中山大学和中山医科大学两校合并后于2002年6月成立的第一个新学院。学院以中山大学生命科学学院药学系为基础，整合了中山大学生命科学学院、化学与化学工程学院以及医学院有关药学科学研究的资源，以中山大学的综合力量为依托组建而成。现任院长为黄民教授。

　　药学院自成立以来，坚持以高标准、高起点要求自身。著名中国科学院院士陈新滋教授担任药学院名誉院长，他对未来的定位提出了明确的目标："用五到十年的时间，成为中国一流的药学院"。为实现这一目标，学院一直致力于学科建设，积极引进各类教学和科研人才，加强各种硬件建设，不断完善各种规章制度，充分调动教职员工积极性，努力营造学院文化。现已在师资队伍建设、人才培养、科研和新药研发等方面取得了显著成绩。学院现有教职工97人，其中教师67人，实验技术人员17人，行政人员13人。教师中教授26人，副教授26人，高级讲师1人，讲师14人。博士生导师22人，硕士生导师44人。学院利用中山大学“百人计划”引进高层次人才二十多人，目前在岗工作有19人。师资队伍中有4人入选教育部新世纪优秀人才支持计划，先后有16人被列为"广东省千百十工程"培养对象;黄志纾教授先后获"广东省南粤优秀教师"、第十届"挑战杯"全国大学生课外学术科技作品竞赛"优秀指导教师"、第九届"挑战杯"广东大学生课外学术科技作品竞赛"优秀指导教师"光荣称号。

　　目前在读本科生479名，硕士研究生325名，博士研究生117名。本科生招生规模为每年120人，研究生招生规模呈稳步增长态势。

　　2006年1月，经教育部批准，中山大学成为目前华南地区高校中唯一获得药学一级学科博士学位授予权的学科，博士点覆盖了药理学、药物化学、生药学、药物分析、药剂学、微生物与生化药学等6个二级学科;2007年9月，药学院获国家人事部批准设立药学(一级学科)博士后科研流动站。

　　学院于2008年7月启用位于大学城的建筑面积为2.3万平方米的药学大楼，目前实验室使用面积达到1.2万平方米以上。学院非常重视实验室科研条件建设，现已购置了10万元以上用于药学科学研究的大型贵重仪器150多台，如核磁共振仪、质谱仪、X-单晶衍射仪、荧光光谱仪、全自动细胞组学高内涵筛选和分析系统、激酶筛选系统、生物大分子相互作用分析仪、激光共聚焦显微镜、CO2超临界萃取仪、全自动生化仪、红外光谱仪、各种高效液相色谱仪、软胶囊机、流化床包衣机、挤出-滚圆造粒机等等。购置仪器3000多件，总价值逾亿元。

　　学院的总体发展目标是，以创新药物研究为龙头，组建与国际接轨的公共技术平台。借助学校的整体力量，将药学院办成具有国内先进水平，某些领域在国际上有较大影响的科学研究与高层次人才培养基地，特别是培养创新药物的团队和人才。使药学院成为广东省和全国的药物(新药)研究、开发与评价中心及药学人才培养基地。